Знаю только две программы, которые умеею скачивать SmoothStreaming:
Replay Media Catcher,
Jaksta (хотя разработчик у них один). Если не скачивают Smooth Streaming, то, скорее всего, там манифест нестандартный используется. Ничего не поделать, придется с экрана записывать.